军机大臣名义上是共同议事，实际上由首席军机大臣做主，“军机大臣多至六七人，而权实操于领袖，新进者画诺奉行，徒拥虚名也。”

各省发来的奏折，如果皇帝发给军机处商量，则先由首席军机大臣阅览，然后再由他指定某位军机大臣翻阅，未经指定的军机大臣不得观看。军机大臣被召见时，可以各抒己见，一般由首席军机大臣首先发言，其他军机大臣发言时不大会悖逆首席军机大臣的意思。

军机大臣要轮流在军机处值宿，以备皇帝随时召见，提供意见。召见一般每日一次或数次，商量各种军政要事。皇帝至圆明园或出巡时，除安排个别人留京办事外，其他军机大臣都要随行，随时准备接受皇帝咨询。乾隆初年，考虑到张廷玉年迈，还特意为他修建了精舍，以让他住得舒适点。

自军机处设立后，军国大事概由军机处负责。用兵时，由军机大臣决定战略方针，皇帝批准之后，再以谕旨发往前方。前方将领的请示，经由军机处讨论，奏报皇帝批准后，再发往前方执行。至于用兵时的兵马粮秣、山川地形、人文地理之类，概由军机处主持策划，这便是后世参谋本部的雏形了。

军机大臣原先只在后方出谋划策，到了乾隆年间，由于大小金川战事旷日持久，不能取得突破，乾隆便令首席军机大臣讷亲往前线统兵指挥，结果却让讷亲死于刀下。

讷亲是满洲镶黄旗人，祖父遏必隆是清代名将，死后佩刀被收入皇宫，名“遏必隆刀”。讷亲年轻时曾在宫内做侍卫，被雍正所熟知，以为可以重用。

雍正十一年(公元1732年)讷亲入军机处，此时不过三十余岁。乾隆登基后，初期依赖于鄂尔泰、张廷玉等老臣。但乾隆是何许人也，自然不愿受老人限制，而要培植自己的亲信。年轻勤敏、能体会“圣意”的讷亲，受到乾隆青睐，恩眷尤厚。

讷亲能被乾隆看重，自有他的可取之处。讷亲为官清廉，为了杜绝有人前来行贿，特意在宅门口养了条巨獒。讷亲出巡江南时，各省供应，极为奢华，讷亲一概回避，乾隆对此大为满意，表扬道：“伊素性谨慎，朕所深知。”

讷亲在各省整治河道，办理赈灾，整顿吏治，颇有功劳。到了乾隆十年，讷亲被授内阁保和殿大学士。保和殿大学士是清代文官中的最高尊荣，能得到授予保和殿大学士的人寥寥无几。讷亲之后，直至清末，只有傅恒一人得过。

老臣鄂尔泰死后，讷亲成为首席军机大臣。有清一代，如果内阁首揆不兼任军机大臣，则有宰相之位，而无宰相之权。军机大臣如果不入内阁，则有宰相之权，而无宰相之位。如果二者兼得，方为仕途圆满。讷亲二者兼具，堪为圆满。

年纪轻轻的讷亲，在军机处排名于三朝老臣张廷玉之前，满朝文武自有非议，汉人官僚更是不平。讷亲也觉得乾隆厚爱得有些过分了，上疏称自己资历浅薄，不敢排名于张廷玉之前。乾隆想想也是，就弄了个折中办法。军机处奏事时，凡满文奏折，则讷亲排名在前，凡汉文奏折，则张廷玉在前。虽在排名上玩些花枪，讷亲掌握军机处已是不争事实。